남북교류·협력과 관련한 법률 제정의 필요성은 1988년 ‘민족자존과 평화번영을 위한 특별선언(7·7선언)’을 공표하면서부터 제기되었다. 이에 따라 1989년 2월 13일 정부가 「남북교류협력에 관한 특별법안」을 국회에 제출했으며, 정부안과 정당안이 절충된 「남북교류협력에 관한 법률안」이 마련되어 1990년 7월 14일 국회 본회의에서 통과되었다. 

1990년 8월 1일 정부가 「남북교류협력에 관한 법률」을 공포했고, 8월 9일에는 [남북교류협력에 관한 법률 시행령]을 제정·공포하였다

1990년 11월 9일 「남북교류협력에 관한 법률 시행규칙」을 제정했으며, 1990년 8월 1일에는 「남북협력기금법」을 제정했다. 남북교류협력법률은 지금까지 16차례 개정되었다.

1994년 11월 8일과 1998년 4월 30일 1·2차 남북경협 활성화 조치가 취해지면서 남북교류협력과 관련한 규제와 절차가 간소화되는 방향으로 남북교류협력법이 개정되었고, 금강산관광과 개성공단사업이 추진되면서 그에 맞춰 규정이 보완되었다.

또한 남북교역이 증대하자 무관세교역에 관한 국제사회의 문제제기를 고려해, 2005년 5월 31일에는 “남북 간의 거래를 민족내부 거래로 본다”는 내용을 남북교류협력법에 포함시켰다. 2010년 12월 현재 「남북교류협력에 관한 법률」은 30개 조와 부칙으로 구성되어 있다.