남북협력기금은 1988년 「7ㆍ7특별선언」(민족자존과 통일·번영에 관한 특별 선언)에 따라 남북한간의 교류협력을 제도적으로 보장한「남북교류협력에 관한 기본지침」(’89.6.)이 제정ㆍ시행된 이후 남북한간의 인적ㆍ물적교류가 증대하였으며 이에 정부는 남북한간 교류협력 촉진ㆍ지원대책의 일환으로 남북한간의 상호교류와 협력사업에 필요한 자금의 확보 및 공급으로 남북교류협력의 촉진과 민족공동체 회복에 기여함을 목적으로 하는 남북협력기금 설치계획을 수립하였다.